請求書発行システム比較【2026年版】Misoca・マネーフォワードクラウド請求書・freee請求書の料金と選び方

紙の請求書を手作業で作っている会社にとって、請求書発行システムの導入は最も効果が見えやすい業務効率化のひとつです。ただし各社の料金体系は「発行通数に応じた年額制」「月額サブスク制」「基本無料＋上位機能は他プランと連携」とまったく違う設計になっており、自社の発行通数によって最適なサービスが変わります。

この記事では、主要3サービスの料金体系を正確に整理し、月間の発行通数別にどれが向いているかをまとめます。

料金体系の違い（要点）

Misoca＝発行通数に応じた年額制（月10通まで永年無料）／マネーフォワードクラウド請求書＝利用人数に応じた月額サブスク制／freee請求書＝基本機能は無料、本格運用はfreee会計等の有償プランと組み合わせ

1. 料金比較表（税抜）

サービス	無料の範囲	有料プラン最安	初期費用
Misoca	月10通まで永年無料	年額8,800円（月15通まで）	0円
マネーフォワードクラウド請求書	1ヶ月無料お試し	月額2,480円〜（年払い・1名）	0円
freee請求書	基本機能は無料	freee会計等の有償プランと連携	0円

2. Misoca（弥生）｜発行通数に応じた年額制

Misocaは「月に何通発行するか」で料金が決まる年額制です。少ない通数なら無料、通数が増えるほど段階的にプランが上がる仕組みになっています。

プラン	月間発行通数	年額（税抜）	同時利用人数
無料プラン	10通まで	0円（永年）	1名
プラン15	15通まで	8,800円	2名まで
プラン100	100通まで	33,500円	5名まで
プラン1000	1000通まで	114,000円	30名まで

見落としやすい点：上限通数を超えると1通70円（税抜）の従量課金で追加発行できます。また記事執筆時点（2026年8月）では年契約の有料プランが初年度無償になるキャンペーンが実施されており、2年目から通常料金になります。無料プランのつもりで契約すると、翌年に想定外の請求が来る場合があるので契約時期と条件を必ず確認してください。

向いているケース：月10通以下ならずっと無料。個人事業主・小規模法人で発行通数が少ない会社。

3. マネーフォワードクラウド請求書｜利用人数に応じた月額制

マネーフォワードクラウド請求書は、発行通数ではなく「利用する人数」で料金が決まる月額サブスク型です。

プラン	利用人数	月額（月払い）	月額（年払い）
ひとり法人プラン	1名まで	3,980円	2,480円
スモールビジネスプラン	3名まで	5,980円	4,480円
ビジネスプラン	無制限（4名以上は従量課金）	7,980円	6,480円

初期費用は0円、無料お試し期間は1ヶ月（ビジネスプラン相当の機能が試せます）。年払いにすると月払いより1年で18,000円お得になります。発行通数の制限がないため、通数は多いが利用人数は少ない会社に向いています。

向いているケース：発行通数は多いが担当者は少人数、会計ソフトとしてマネーフォワードクラウドシリーズを使っている（または使う予定の）会社。

4. freee請求書｜基本機能は無料、本格運用は他プランと連携

freee請求書は基本的な請求書作成・発行機能を無料で利用できるのが特徴です。freee会計やfreee販売といった他のfreee製品と組み合わせることで、より高度な機能（会計連携・在庫管理との連動など）が使えるようになる設計になっています。

すでにfreee会計を使っている、またはこれから会計ソフトごと乗り換える予定がある会社であれば、請求書発行を追加コストなしで始められる点が魅力です。逆に請求書発行だけを目的にfreee製品を導入するのは、他の2サービスと比べて回り道になる可能性があります。

向いているケース：freee会計・freee販売などをすでに使っている、またはこれから使う予定の会社。

5. 結局どれを選ぶべきか｜発行通数別の目安

月間発行通数	向いているサービス
10通以下	Misoca（無料プランでずっと使える）
11〜30通程度・担当者1〜2名	Misoca プラン15、またはマネーフォワードひとり法人プラン
通数は多いが担当者は少人数	マネーフォワードクラウド請求書（通数制限なし）
すでにfreee会計を利用中	freee請求書

6. 導入前にチェックすべきポイント

①インボイス制度・電子帳簿保存法に対応しているか

紹介した3サービスはいずれもインボイス制度に対応した請求書フォーマットに対応していますが、自社が発行する請求書の記載項目（登録番号・税率区分など）が正しく反映されるか、無料お試し期間中に必ず確認しましょう。

②既存の会計ソフトと連携できるか

請求書発行システムと会計ソフトが別会社の製品だと、結局手作業でのデータ移行が発生することがあります。すでに使っている会計ソフトとの連携実績があるかを確認してください。

③自社独自の請求書フォーマットに対応できるか

業界特有の記載項目や、取引先ごとに指定されたフォーマットがある場合、既製の請求書発行システムでは標準テンプレートの範囲でしか対応できないことがあります。

7. 既製ツールでは対応しきれない請求業務への向き合い方

ここまで紹介した3サービスは、いずれも標準的な請求書フォーマットの発行を前提に設計されています。多くの会社ではこれで十分ですが、なかには次のような事情を抱えているケースもあります。

取引先ごとに指定フォーマットが違い、標準テンプレートでは対応しきれない
基幹システムや案件管理ツールから請求データを自動で連携させたい
請求書発行だけでなく、入金消込や督促まで自動化したい

こうした「自社固有の請求フロー」は、既製ツールの標準機能の範囲外になりがちです。その場合、既製システムを無理に使い続けるより、必要な部分だけを自社の運用に合わせて開発するという選択肢もあります。

合同会社SAiは、中小企業・個人事業主向けにAI・RPAのオーダーメイド開発を提供している開発会社で、請求書自動化はまさに実績のある領域です。基幹システムとの連携、取引先ごとに異なる請求フォーマットへの対応、入金消込の自動化など、既製の請求書発行システムでは対応しきれない部分だけをピンポイントで開発できます。初期費用0円・月額1万円〜、最短3日で導入。開発者が直接対応するため中間マージンがなく、契約の縛りもありません。

「請求書発行システムを入れたが、結局取引先ごとに手作業の調整が残っている」という場合の相談先として検討する価値があります。合同会社SAi の公式サイトを見る